Clean code
authorPaul Hoffman <phoffman@nygenome.org>
Wed, 8 Nov 2017 00:58:07 +0000 (19:58 -0500)
committerPaul Hoffman <phoffman@nygenome.org>
Wed, 8 Nov 2017 00:58:07 +0000 (19:58 -0500)
R/loom.R

index 4b3d2ff72ee5486c629eb492ca1c0bffecda81ac..adfdc5c72afb723816cd4abd1853395beebe131e 100644 (file)
--- a/R/loom.R
+++ b/R/loom.R
@@ -798,20 +798,6 @@ connect <- function(filename, mode = "r") {
   return(new.loom)
 }
 
-CreateLoomFromSeurat <- function(object, filename) {
-  object.data=t(object@raw.data[rownames(object@data),object@cell.names])
-  object.meta.data=object@meta.data
-  row_attrs=list(); col_attrs=list()
-  gene.names=colnames(object.data)
-  object.meta.data$ident = object@ident
-  object.meta.data$CellID = object@cell.names
-  for(i in 1:ncol(object.meta.data)) {
-    col_attrs[[colnames(object.meta.data)[i]]]=object.meta.data[,i]
-  }
-  row_attrs[["Gene"]]=gene.names
-  create(filename,object.data,gene.attrs = row_attrs, cell.attrs = col_attrs)
-}
-
 #' Map a function or a series of functions over a loom file
 #'
 #' @param X A loom object