Merge branch 'master' of github.com:mojaveazure/loomR
authorPaul Hoffman <phoffman@nygenome.org>
Tue, 14 Nov 2017 19:19:54 +0000 (14:19 -0500)
committerPaul Hoffman <phoffman@nygenome.org>
Tue, 14 Nov 2017 19:19:54 +0000 (14:19 -0500)
1  2 
R/loom.R

diff --combined R/loom.R
index 2fdd8b7904778a3d9103ba54a7d26413eef42491,b24b70a479e9fa6d4e43bceb7bd31d357a9250c7..8b31f8bafabbe71d9e9718b3761237f116b85921
+++ b/R/loom.R
@@@ -29,10 -29,10 +29,10 @@@ NUL
  #'     \code{MARGIN} is either 1 for genes or 2 for cells, and
  #'     \code{overwrite} tells us whether we can overwrite existing attributes or not
  #'   }
- #'   \item{\code{add.row.attribute(attribute)}}{A wrapper for \code{add.attribute(attribute, MARGIN = 2)}}
- #'   \item{\code{add.col.attribute(attribute)}}{A wrapper for \code{add.attribute(attribute, MARGIN = 1)}}
- #'   \item{\code{add.meta.data(meta.data)}}{A wrapper for \code{add.attribute(attribute, MARGIN = 1)}}
- #'   \item{\code{batch.scan(chunk.size, MARGIN, index.use, dataset.use, force.reset)}, \code{batch.next()}}{
+ #'   \item{\code{add.row.attribute(attribute)}}{A wrapper for \code{add.attribute(attribute, MARGIN = 1)}}
+ #'   \item{\code{add.col.attribute(attribute)}}{A wrapper for \code{add.attribute(attribute, MARGIN = 2)}}
+ #'   \item{\code{add.meta.data(meta.data)}}{A wrapper for \code{add.attribute(attribute, MARGIN = 2)}}
+ #'   \item{\code{batch.scan(chunk.size, MARGIN, index.use, dataset.use, force.reset)}, \code{batch.next(return.data)}}{
  #'     Scan a dataset in the loom file from \code{index.use[1]} to \code{index.use[2]}, iterating by \code{chunk.size}.
  #'     \code{dataset.use} can be the name, not \code{group/name}, unless the name is present in multiple groups.
  #'     Pass \code{MARGIN = 1} to iterate on genes or \code{MARGIN = 2} to iterate on cells for 'matrix' or any dataset in 'layers'.
@@@ -111,7 -111,7 +111,7 @@@ loom <- R6Class
            error = function(e) {
              if (mode != 'r') {
                version <- packageVersion(pkg = 'loomR')
-               h5attr(x = self, which = 'version') <- version
+               h5attr(x = self, which = 'version') <- as.character(x = version)
              } else {
                version <- NA_character_
              }
          self$version <- as.character(x = packageVersion(pkg = 'loomR'))
        }
      },
 +    finalizer = function() {
 +      self$close_all(close_self = TRUE)
 +    }
      # Addding attributes and layers
      add.layer = function(layers, overwrite = FALSE) {
        if (self$mode == 'r') {