Merge branch 'master' of github.com:mojaveazure/loomR
[loomr.git] / R / loom.R
index 2fdd8b7904778a3d9103ba54a7d26413eef42491..8b31f8bafabbe71d9e9718b3761237f116b85921 100644 (file)
--- a/R/loom.R
+++ b/R/loom.R
@@ -29,10 +29,10 @@ NULL
 #'     \code{MARGIN} is either 1 for genes or 2 for cells, and
 #'     \code{overwrite} tells us whether we can overwrite existing attributes or not
 #'   }
-#'   \item{\code{add.row.attribute(attribute)}}{A wrapper for \code{add.attribute(attribute, MARGIN = 2)}}
-#'   \item{\code{add.col.attribute(attribute)}}{A wrapper for \code{add.attribute(attribute, MARGIN = 1)}}
-#'   \item{\code{add.meta.data(meta.data)}}{A wrapper for \code{add.attribute(attribute, MARGIN = 1)}}
-#'   \item{\code{batch.scan(chunk.size, MARGIN, index.use, dataset.use, force.reset)}, \code{batch.next()}}{
+#'   \item{\code{add.row.attribute(attribute)}}{A wrapper for \code{add.attribute(attribute, MARGIN = 1)}}
+#'   \item{\code{add.col.attribute(attribute)}}{A wrapper for \code{add.attribute(attribute, MARGIN = 2)}}
+#'   \item{\code{add.meta.data(meta.data)}}{A wrapper for \code{add.attribute(attribute, MARGIN = 2)}}
+#'   \item{\code{batch.scan(chunk.size, MARGIN, index.use, dataset.use, force.reset)}, \code{batch.next(return.data)}}{
 #'     Scan a dataset in the loom file from \code{index.use[1]} to \code{index.use[2]}, iterating by \code{chunk.size}.
 #'     \code{dataset.use} can be the name, not \code{group/name}, unless the name is present in multiple groups.
 #'     Pass \code{MARGIN = 1} to iterate on genes or \code{MARGIN = 2} to iterate on cells for 'matrix' or any dataset in 'layers'.
@@ -111,7 +111,7 @@ loom <- R6Class(
           error = function(e) {
             if (mode != 'r') {
               version <- packageVersion(pkg = 'loomR')
-              h5attr(x = self, which = 'version') <- version
+              h5attr(x = self, which = 'version') <- as.character(x = version)
             } else {
               version <- NA_character_
             }