Add ability to transpose input data
[loomr.git] / man / create.Rd
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3 \name{create}
4 \alias{create}
5 \title{Create a loom object}
6 \usage{
7 create(filename, data, gene.attrs = NULL, cell.attrs = NULL,
8   layers = NULL, chunk.dims = "auto", chunk.size = 1000,
9   do.transpose = TRUE, overwrite = FALSE, display.progress = TRUE)
10 }
11 \arguments{
12 \item{filename}{The name of the new loom file}
13
14 \item{data}{The data for \code{/matrix}. If cells are rows and genes are columns, set \code{do.transpose = FALSE}; otherwise, set \code{do.transpose = TRUE}}
15
16 \item{gene.attrs}{A named list of vectors with extra data for genes, each vector must be as long as the number of genes in \code{data}}
17
18 \item{cell.attrs}{A named list of vectors with extra data for cells, each vector must be as long as the number of cells in \code{data}}
19
20 \item{chunk.dims}{A one- or two-length integer vector of chunksizes for \code{/matrix}, defaults to 'auto' to automatically determine chunksize}
21
22 \item{chunk.size}{How many rows of \code{data} should we stream to the loom file at any given time?}
23
24 \item{do.transpose}{Transpose the input? Should be \code{TRUE} if \code{data} has rows as genes and cells as columns}
25
26 \item{overwrite}{Overwrite an already existing loom file?}
27 }
28 \value{
29 A connection to a loom file
30 }
31 \description{
32 Create a loom object
33 }
34 \seealso{
35 \code{\link{loom-class}}
36 }